Монастырь устроен в 1998 г. на территории бывшей воинской части. 17 марта 1998 г. здесь открыт скит Одесского Успенского мужского монастыря, на Пасху 19 апреля в обители было совершено 1-е богослужение, 19 мая – учрежден самостоятельный Иверский монастырь (решением Свящ. Синода УПЦ). С 23 апреля по 23 октября 1998 г. на торце главного здания бывшей военчасти построена колокольня, 26 октября 1998 г. на 2-м этаже того же здания освящен храм Иверской иконы Божией Матери. В начале весны 1999 г. иноки обители отбыли на Афон, чтобы заказать список находящейся там знаменитой древней чудотворной Иверской иконы Божией Матери. Повествуя об этой поездке, справочник «Храмы и монастыри Одессы и Одесской области» (2005) отмечает: «Они направились в Белоезерскую келию, и афонский старец Арсений принял заказ на написание иконы. Образ писался с молитвой и постом, по всем канонам написания икон. Работа иконописцев сопровождалась небывалыми искушениями. Трижды меняли доску, дважды перекладывали золото, и только с началом Великого поста [2000], в непрестанной молитве, написание иконы закончили. «Видно большая будет польза от этого образа», – сказал старец, объясняя братии, терпевшей искушения». В конце весны 1999 г. в Одесском Иверском монастыре открыли скважину воды, химический состав которой не имеет аналогов в Одесской области, и эта скважина обрела имя Иверского источника. В праздник Сретения Господня 15 февраля 2000 г. в Иверском храме обители совершилось чудо: после причащения верующих на Литургии, на престол в алтаре сошел Благодатный огонь. К лету 2000 г. в центре монастыря обустроили садик, где возвели деревянную часовню свт. Николая Мирликийского, опирающуюся на 4 камня со Святой Горы Афон. В июле того же года в часовню торжественно внесен исполненный на Афоне по заказу монастыря список Иверской иконы Божией Матери (перед отправлением в Одессу его приложили к оригиналу в Иверской обители Афона). По прибытии в Одессу, список Иверской иконы Божией Матери был окружен большим почитанием, посетил многие регионы Украины. В 2003-2005 гг. в монастыре возведен храм прп. Серафима Саровского. По ходу благоустройства обители здесь не только реконструируются старые здания, но и возводятся новые, в т.ч. корпус келий с храмом свт. Игнатия (Брянчанинова), гостиница, дом наместника.